Sistem Penjaminan Mutu UPPS FP USK terlaksana dengan adanya SJMF tingkat Fakultas dan TPMA tingkat program studi. Pelaksanaan Standar Penjaminan Mutu internal (SPMI) mengacu pada Kebijakan Mutu SPMI, yang memuat manajemen kendali mutu di tingkat Universitas yaitu menggunakan Model PDCA (Plan-Do-Check-Act) yang meliputi kegiatan perencanaan (Plan), implementasi (Do), monitoring (Check), dan tindak lanjut (Act) yang menghasilkan perbaikan yang berkelanjutan (continuous improvement). Pada tingkat prodi, TPMA berperan melakukan monitoring terhadap capaian sasaran mutu yang telah ditetapkan dan melaporkan kepada SJMF dan LPM saat Audit Mutu Internal (AMI). Audit Mutu Internal terakhir yang telah dilakukan pada Prodi Magister Ilmu Peternakan yaitu AMI XIV tahun 2023.
Sasaran mutu yang dikontrol adalah: (1) visi, misi, tujuan dan strategi, (2) tata pamong, tata kelola, dan kerjasama; (3) mahasiswa; (4) sumber daya manusia; (5) keuangan, sarana dan prasarana; (6) pendidikan; (7) penelitian; (8) pengabdian kepada masyarakat; dan (9) luaran dan capaian tridharma. Setiap penyelengaraan kegiatan akademik dan non akademik harus sesuai dengan standar mutu dalam bentuk standar pelayanan minimal serta prosedur kerja baku atau POS.