Program Studi Magister Ilmu Peternakan merupakan bagian dari Departemen Peternakan Fakultas Pertanian Universitas Syiah Kuala. Sebelum bergabung dengan Fakultas Pertanian pada tahun 1985, Departemen Peternakan USK merupakan Fakultas Kedokteran Hewan dan Peternakan.
Universitas Syiah Kuala pada tanggal 17 Oktober 1960 mendirikan Fakultas Kedokteran Hewan dan Peternakan. Sejarah singkat pendirian Fakultas Kedokteran Hewan dan Peternakan adalah melalui Surat Keputusan Menteri PP dan K No. 79966/UU, tentang pendirian FKHP sebagai bagian dari Universitas Sumatera Utara, Medan. Upacara peresmian dilangsungkan di Aula Fakultas Ekonomi Universitas Syiah Kuala oleh Direktur Jenderal Direktorat Pendidikan Tinggi Prof Dr. Soegiono D. Poesponegoro. Kuliah pertama dilakukan pada tanggal 7 November 1960 dengan jumlah mahasiswa terdaftar 62 orang. Fakultas Kedokteran Hewan dan Peternakan berintegrasi dengan Universitas Syiah Kuala pada tanggal 30 November 1961. Pada tahun 1968 dilakukan pembentukan Jurusan Kedokteran Hewan dan Jurusan Peternakan. Selanjutnya pada tanggal 10 Oktober 1985, Jurusan Peternakan berintegrasi ke Fakultas Pertanian berdasarkan SK Menteri P dan K Nomor 1312.
Fakultas Pertanian Universitas Syiah Kuala (FP USK) secara resmi berdiri pada tanggal 16 November 1964. Hingga saat ini, Fakultas Pertanian Universitas Syiah Kuala telah memiliki 4 (empat) Program Magister (S2) yaitu: Magister Agroekoteknologi, Magister Agribisnis, Magister Teknologi Industri Pertanian dan Magister Ilmu Peternakan. Program Studi Magister Ilmu Peternakan memperoleh izin operasional pada tahun 2016 dengan SK Pembukaan Program Studi Nomor 366/KPT/I/2016 tertanggal 13 September 2016. Penerimaan mahasiswa pertama dilakukan pada tahun 2017.